Berdasarkan doktrin Quirk Doomsday Theory, kelompok ideologis Humarise yakin bahwa semua manusia dengan quirk adalah orang sakit dan harus dibasmi. Untuk membangun kembali dunia, para ekstremis kelompok tersebut telah membuat alat mematikan yang dikenal sebagai “Trigger Bomb” yang menyebabkan orang-orang dengan quirk kehilangan kendali dan mati. Pemimpin mereka, Flect Turn, berhasil lolos dari penangkapan para Pro Heroes yang dikerahkan di seluruh dunia.
Selama masa studi kerjanya di negara Otheon bersama Pro Hero nomor satu Jepang, Izuku “Deku” Midoriya dituduh melakukan kejahatan yang tidak dilakukannya. Tanpa sengaja melibatkan Roddy Soul, seorang penduduk setempat, Deku segera menemukan dirinya dalam pelarian bersama bocah itu. Kini giliran Rody, Deku, dan teman-teman sekelas Deku untuk menghentikan rencana Trigger Bomb yang digagas oleh Flect, sembari menghindari anggota Humarise lainnya yang gigih.
