Sebagai seorang remaja yang liar, siswa sekolah dasar Shouya Ishida berusaha mengalahkan kebosanan dengan cara yang paling kejam. Ketika Shouko Nishimiya yang tuli pindah ke kelasnya, Shouya dan seluruh kelasnya tanpa berpikir menindasnya untuk bersenang-senang. Namun, ketika ibunya memberi tahu sekolah, dialah yang disalahkan atas semua yang dilakukan padanya. Dengan pindahnya Shouko dari sekolah, Shouya menjadi sasaran belas kasihan teman-teman sekelasnya. Dia dikucilkan tanpa perasaan di sekolah dasar dan menengah, sementara guru-guru menutup mata.
Sekarang di tahun ketiga sekolah menengahnya, Shouya masih dihantui oleh kesalahannya sebagai seorang anak laki-laki. Dengan tulus menyesali tindakan masa lalunya, dia memulai perjalanan penebusan dosa: untuk bertemu Shouko sekali lagi dan menebus kesalahannya.
Koe no Katachi menceritakan kisah mengharukan tentang reuni Shouya dengan Shouko dan upaya jujurnya untuk menebus kesalahannya, sambil terus dihantui oleh bayang-bayang masa lalunya.