Lima tahun lalu, gelembung-gelembung yang menentang gravitasi dengan kekuatan misterius menghujani bumi. Setelah ledakan besar yang tidak diketahui asalnya, Tokyo menjadi titik nol, dengan kota yang terkurung dalam gelembung raksasa. Sebagai akibat dari fenomena “Bubble Fall” ini, kota metropolitan yang pernah menjadi ibu kota Jepang tenggelam di laut yang membelokkan gravitasi; pemerintah menyatakannya sebagai zona terlarang, dan penduduk meninggalkannya.
Anak-anak yang menjadi yatim piatu karena Bubble Fall sekarang berjongkok secara ilegal di Tokyo, ikut serta dalam pertempuran tim parkour yang berbahaya di seluruh bangunan kota yang bobrok. Hibiki—seorang jagoan berbakat dalam permainan ini dengan kemampuan untuk melompat di antara gelembung—mengklaim bahwa ia dapat mendengar suara dari Menara Tokyo. Bertekad untuk mengungkap misterinya, ia berangkat menuju sumbernya, tetapi ia jatuh ke air di bawahnya.
Seorang gadis aneh, yang kemudian ia panggil Uta, menyelamatkannya. Tetapi Hibiki tidak tahu bahwa kemunculan Uta dalam hidupnya akan mengungkap rahasia di balik peristiwa bencana yang mengubah dunia mereka selamanya.
