Sejak kematian kakeknya, Yasuji, Kousuke Kumagaya semakin menjauh dari sahabatnya, Natsume Tonai. Setelah tumbuh bersama seperti saudara kandung di gedung apartemen yang sama, keduanya kini berselisih satu sama lain karena ketidakmampuan Natsume untuk melupakan masa lalu. Keretakan ini semakin parah dengan berita bahwa bekas kompleks mereka akan segera dihancurkan.
Mendengar tentang hantu yang konon menghantui kompleks lama itu, teman-teman Kousuke menyeretnya ke lokasi pembongkaran untuk melihat-lihat. Ketika Kousuke mengetahui bahwa Natsume juga ada di sana, mereka bertengkar memperebutkan kamera lama milik Yasuji. Hal ini mengakibatkan Natsume kabur dengan kamera itu, tetapi tepat saat ia hendak jatuh dari atap, hujan deras menyelimuti seluruh gedung, membanjiri tanah di sekitarnya.
Anak-anak kecil itu kini mendapati diri mereka terombang-ambing di laut dengan gedung apartemen yang bertindak sebagai kapal mereka. Karena tidak dapat berkomunikasi dengan dunia luar, Natsume dan Kousuke harus menyelesaikan perbedaan mereka jika ingin memiliki kesempatan menemukan jalan pulang.
