Dulunya diyakini telah punah, ninja muncul kembali di Jepang kontemporer setelah Perang Pasifik. Dengan jumlah yang dikabarkan mencapai dua ratus ribu, para pembunuh yang mematikan ini sekarang ditugaskan untuk melakukan operasi rahasia, menyusup ke sebagian besar lembaga publik dan swasta negara dalam prosesnya.
Di antara para ninja ini adalah Kurou Kumogakure, yang sering menghabiskan hari-harinya di apartemen kumuh tanpa motivasi untuk melakukan apa pun. Beberapa orang mungkin menganggapnya gelandangan tidak berguna yang tidak melakukan apa pun kecuali mencuri bir dari tetangganya. Meskipun demikian, pecundang berusia 17 tahun itu mungkin sebenarnya lebih berbahaya daripada yang ditunjukkan oleh sikapnya. Potensi tersembunyi Kurou diuji ketika ia diberi misi baru untuk menyusup ke sekolah menengah setempat, tetapi ada lebih banyak hal dalam tugas ini daripada yang dapat ia prediksi.
